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coordonnées et les coordonnées obtenues après 10 ns de simulation. La Figure 1 figure1 2-méthoxy phénol, gaïacol. Image pleine grandeur Des simulations MD tout atome ont été réalisées à l’aide du logiciel Amber (v. 10, USCF, San Francisco, États-Unis)28, 29 ainsi que des champs de force coffret whisky Amber12SB et gaff30 compatibles, qui ont été développés pour les molécules organiques.

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Le modèle de l’eau SPC/E31, coffret whisky qui comprend l’effet moyen de la polarisation dans les liquides polaires, a été utilisé parce que le modèle est connu pour reproduire correctement la densité, la fonction de distribution radiale et la constante d’auto-diffusion de l’eau32. De plus, il a été démontré que le modèle était adéquat pour les simulations à l’interface air-eau 33, 34. Afin de tester la validité des  cadeau  paramètres adaptés, une série de simulations de référence du gaïacol, des solvants purs et des mélanges eau-EtOH en l’absence de gaïacol coffret whisky auchan cadeau

  • a été cadeau  réalisée. Des Simulations à la coffret whisky température auchan de fusion du gaïacol (T = 301,15 K) ont abouti à une enthalpie de vaporisation de 67,6 kJ mol−1, ce qui est en bon accord avec la valeur expérimentale de 60,4 kJ mol−1 35. La valeur correspondante pour EtOH à coffret whisky auchan avec verre
  • 298,15 K cadeau  a été calculée à 46,1 kJ mol−1, ce qui auchan est également en accord avec la valeur expérimentale de 42,3 kJ mol-1 35. Les auchan densités des phases liquides du gaïacol et de l’éthanol ont été calculées à 1,15 g cm−3 (301,15 K) et 0,80 g cm−3 (298,15 K), ce qui avec verre cadeau
  • est en accord général avec les données expérimentales36 de 1,11 et 0,785 g cm−3, respectivement. Les calculs coffret whisky des volumes excédentaires eau-EtOH pour les mélanges en avec verre

l’absence de gaïacol ont avec verre coffret whisky reproduit la conclusion expérimentale selon laquelle les solutions avec une fraction molaire de x EtOH = 0,3–04 (59-69% vol d’EtOH) donnent lieu à la plus grande déviation par rapport au comportement idéal, Voir tableau supplémentaire S3 et Figure S1. Comme dans les simulations précédentes rapportées par d’autres37, cependant, les différences de volume excédentaire étaient plus élevées dans l’expérience que dans les coffret whisky avec verre

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simulations. La concentration d’EtOH dans chaque coffret whisky mélange est également présentée sous la forme volume-% (vol-%). La valeur approximative du % vol d’éthanol dans chaque mélange a été obtenue dégustation à partir découverte d’un calcul du volume moléculaire d’éthanol, comme expliqué dans le tableau coffret whisky S3 et ajouté au texte pour faciliter l’interprétation des données. De même, les estimations de la constante diélectrique statique pour dégustation chaque mélange eau-EtOH par des découverte calculs de la fluctuation du moment dipolaire total (<M2>-<M>2)38, 39 ont coffret whisky découverte découverte dégustation

reproduit la diminution de la dégustation découverte constante diélectrique observée dans les expériences de relaxation diélectrique40. dégustation La valeur absolue de la constante diélectrique obtenue était cependant plus faible que dans les expériences, voir la Figure supplémentaire S2. Les calculs des taux D’auto-diffusion de Stokes-Einstein de l’eau et de l’éthanol dans chaque mélange, en l’absence et en présence de gaïacol, n’ont révélé aucune influence de la découverte

présence du soluté dans les mélanges, découverte voir tableau supplémentaire S4. Simulations de phase en vrac japonais Chaque système a été initialement réduit au minimum l’énergie pour éliminer les japonais contacts de van der Waals défavorables en japonais utilisant un total de 10000 étapes. découverte Ceux-ci ont été divisés en 5000 étapes de descente les plus raides suivies de 5000 étapes de minimisation du gradient conjugué. Après japonais la minimisation de l’énergie, les vitesses de coffret whisky découverte japonais

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  • personnalisé tous les atomes ont coffret whisky été attribuées au hasard à partir D’une distribution de Maxwell-Boltzmann des vitesses à T = 298,15 K, et les systèmes ont été simulés pour 100 ps dans des conditions NVT (nombre constant de particules, volume et  mignonnettetempérature). Une simulation supplémentaire de 500 ps a ensuite été réalisée à un nombre constant de coffret whisky leclerc mignonnette personnalisé
  • particules, une pression de 1 bar et une température de T = 298,15 K. personnalisé Les données de phase de production ont été collectées pour chaque système à partir de 10 ns de simulation aux conditions NPT. Au cours leclerc de toutes les simulations, la température a été leclerc mignonnette personnalisé

maintenue constante en leclerc utilisant la dynamique de personnalisé Langevin mignonnette avec une fréquence de collision fixée à 1,0 ps−1. Les étapes de simulation NPT ont été réalisées à l’aide d’une mise à l’échelle de pression isotrope avec le Barostat Berendsen et d’une constante de relaxation de pression tp de 2,0 ps. Toutes les liaisons à l’hydrogène ont été contraintes à l’aide de L’algorithme SHAKE 41 qui a coffret whisky permis un mignonnette pas de temps fixé à 0,002 ps. Des conditions aux leclerc

limites périodiques ont été appliquées pas cher dans toutes les directions en utilisant une coupure d’interaction non liée à 12 Å. L’électrostatique à longue portée a été traitée à l’aide de la méthode pas cher de sommation Ewald (PME) à maille de particules, et les interactions de van der Waals pas cher à longue portée ont été corrigées à l’aide d’une correction par modèle continu de l’énergie et de la pression. Les données ont été collectées toutes les 2 ps. Simulations d’interface liquide-air Des boîtes représentant les coordonnées moléculaires de la série de pas cher mélanges eau-EtOH-gaïacol obtenus après 10 ns de simulations ont été insérées et pas cher

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centrées sous forme de dalle liquide verre a dans de nouvelles boîtes. Chacune de ces boîtes avait les mêmes dimensions x et y qu’auparavant, tandis que l’axe z était allongé de la moitié de sa dimension sur ses côtés positif et négatif. Les mélanges ont ensuite été simulés à des conditions de volume verre a constant pour 50 ns supplémentaires, généralement en recueillant des données toutes les 10 ps. Analyse Les fonctions de distribution spatiale (SDF) ont été calculées à l’aide de la commande Grid implémentée dans la suite de programmes AmberTools (v. 15, USCF, San Francisco, USA). Les positions de certains atomes d’eau et verre a

D’EtOH autour du gaïacol ont été regroupées à partir de cadres verre a d’ajustement de coordonnées quadratiques moyennes sur tous les atomes de gaïacol à des intervalles de 10 ps pour des simulations d’interface liquide-air de 50 ns, et à des verre a intervalles de 2 ps pour des simulations de phase en vrac de 10 ns. Un espacement de grille de (0,5)3 Å3 et une taille de boîte de 1003 Å3 ont été utilisés dans tous les calculs. Des représentations graphiques de l’occupation de certains atomes de solvant autour du soluté guaiacol ont été montrées en utilisant 3 ou 8 fois la valeur de avis contour attendue pour la densité apparente avis

  • des solvants purs. Les valeurs prix utilisées comme densités en avis vrac de référence (DensityBulk) de l’eau et de prix l’éthanol dans tous les mélanges ont été calculées à 20,9 (0,03346 atomes/Å3 × 0,125 Å3 × 5000 trames) et 6,5 (0,01046 × 0,125 Å3 × 5000
  • trames), respectivement. Les densités unidimensionnelles avis ont été calculées à l’aide de L’outil de profil de densité 42 tel qu’implémenté dans VMD (version 1.9.1, Université de L’Illinois à Urbana-Champaign, États-Unis)43. prix Toutes les densités atomiques de l’axe z avis prix
  • ont été calculées comme la moyenne ± l’écart type sur le temps de simulation total de 50 ns, le centre de la boîte le long de l’axe z étant réglé sur z = 0, en tenant compte de chaque valeur de densité le long prix de l’axe z en utilisant des valeurs absolues des coordonnées de l’axe Z.

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